北京孔庙主体建筑都覆以黄色琉璃瓦，是封建社会的最高建筑规制。整座孔庙建筑布局科学，规模宏大，凸显皇家气派。

　　先师门（又称棂星门）是孔庙的大门，面阔三间，进深七檩，单檐歇山顶，基本上保留了元代的建筑风格，先师门两侧连接庙宇的外围墙，犹如一座城门。进入先师门，迎面看到的便是大成门。大成门创建于元代，清代重修，面阔五间，进深九檩，单檐歇山顶。整座建筑坐落在高大的砖石台基上，中间的御路石上高浮雕海水龙纹图样，五龙戏珠，栩栩如生。大成门前廊两侧摆放着10枚石鼓，每枚石鼓的鼓面上都篆刻一首上古游猎诗。这是清乾隆时仿公元前8世纪周宣王时代的石鼓遗物刻制的，那难辨的文字和深邃的诗意恐怕只有学识渊博的孔老夫子才能完全理解吧。第一进院落是皇帝祭孔前筹备各项事宜的场所，其东侧设有宰牲亭、井亭、神厨，用于祭孔三牲的宰杀、清洗和烹制。两侧有神库、致斋所用于祭孔礼器的存放和供品的备制。

　　第二进院落是孔庙的中心院落，每逢祭孔大典，这里便钟鼓齐鸣，乐舞升平，仪仗威严。大成殿是第二进院落的主体建筑，也是整座孔庙的中心建筑，是孔庙内最神圣的殿堂。大成殿始建于大德六年（公元1302年），后毁于战火，明永乐九年（公元1411年）重建，清光绪三十二年（公元1906年）将殿由7间扩建为9间。殿内金砖铺地，内顶施团龙井口天花，其规制是我国封建社会的最高建筑等级，堪与故宫太和殿媲美。殿中供奉孔子“大成至圣文宣王”木牌位，神位两边设有配享的“四配十二哲”牌位。神位前置祭案，上设尊、爵、卣、笾、豆等祭器均为清乾隆时的御制真品。大殿内外高悬清康熙至宣统9位皇帝的御匾，均是皇帝亲书的对孔子的四字赞语，是珍贵的文物。

　　孔庙的第三进院落最具特色，由崇圣门、崇圣殿和东西配殿组成独立完整的院落，与前二进院落分割明显而又过渡自然，反映出古人在建筑部局上的巧妙构思。这组建筑称为崇圣祠，是祭祀孔子五代先祖的家庙。建于明嘉靖九年（公元1530年），清乾隆二年（公元1737年）重修，并将灰瓦顶改为绿琉璃瓦顶。崇圣殿又称五代祠，面阔五间，进深七檩，殿前建有宽大的月台，月台三面建有垂带踏步各十级。殿内供奉孔子五代先人的牌位及配享的颜回、孔伋、曾参、孟轲四位先哲之父的牌位。东西配殿坐落在砖石台基上，面阔三间，进深五檩，单檐悬山顶，内奉程颐、程颢兄弟、张载、蔡沈、周敦颐、朱熹6位先儒之父。

　　三进院落及其建筑有明确的建筑等级差别和功能区域划分，和谐统一地组成一整套皇家祭祀性建筑群落，是我国古代建筑的杰出代表。